甘肃医学院附属医院检验中心是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性科室，现为甘肃省医学检验临床医学研究中心平凉分中心、甘肃省人民医院优势学科医联体、兰州大学第二医院区域检验联盟单位、甘肃省肿瘤医院肿瘤基因检测技术联盟成员单位，平凉市市级重点学科，平凉市临床检验质控中心挂靠单位，曾连续多次被医院评选为“先进集体”，承担甘肃医学院医学检验专业主干教学，承担甘肃中医药大学等院校实习带教任务。科室现有检验技术人员28人，其中主任检验师1人、副主任检验师6人、主管检验师6人、检验师12人、检验士3人。近五年，科室先后发表国家级省级论文20余篇。科室下设临床基础检验及血液学检验、临床生物化学检验、临床微生物学检验、临床免疫学检验、临床分子生物学（遗传）检验等五个专业组。科室拥有罗氏生化免疫流水线、希森美康凝血分析仪等大型检测设备30多台，开展检验项目400多项，是全市开展检验项目最多的大型实验室。